Akatsuki Renasce
Depois que Pein destruiu a Vila Oculta da Folha, Konoha demorou certo tempo para se recuperar. Danzou assumiu o controle da vila nesse meio tempo, apesar da revolta de muitos e deu ordem para que toda a Akatsuki e seus aliados fossem eliminados (pelo menos uma coisa boa).
As outras Vilas Ocultas ficaram tentadas em atacar Konoha, mas graças a Vila da Areia, isso não ocorreu. Porém, a ameaça da Akatsuki ainda era presente, pois estes precisavam da Kyuubi. Então, enquanto o time Taka atacaria a vila com o objetivo de acabar com os anciões, Madara e Zetsu iriam atrás de Naruto.
Sasuke invadiu a vila com o Time Taka, procurando pelos anciões. A ANBU os atrasou, mas não conseguiu derrotá-los. Enquanto isso, Madara e Zetsu procuravam o Jinchuuriki, não demorando muito para encontrá-lo. Porém, quando Madara se posicionava para atacar, sentiu um estalo. Encarou Zetsu que entendeu a situação e ambos sumiram.
Finalmente, Sasuke encontrou os dois conselheiros. Sacou sua espada e andou calmamente em direção desses. Porém, um tronco de madeira saiu do chão e bloqueou sua passagem. Yamato, Sai, Naruto, Kakashi, Sakura, Kiba, Shino e Shikamaru encaravam o inimigo, salvando a vida dos dois conselheiros. Todos ouviram os motivos de Sasuke e tentaram lhe mostrar o outro lado da história, porém isso foi em vão. Sasuke ordenou e a batalha começou.
No entanto, Madara e Zetsu já estavam em um dos esconderijos da Akatsuki. A enorme estátua começava a rachar. Madara explicou que um dos prováveis motivos era a falha no selamento do Hachibi. Explicou também que o único jeito de evitar uma catástrofe global era selar os demônios em locais específicos... um por um... E como Kisame estava fora, seria um árduo trabalho para aqueles dois.
A luta esquentava cada vez mais. Todos usavam suas maiores habilidades para vencer, mas nada parecia ser o bastante. Naruto, em seu modo Eremita e Sasuke com seu Mangekyou Sharingan duelavam mortalmente. No fim, o Time Taka havia sido derrotado, com exceção de Sasuke, porém Kiba e Shino morreram por esse bem maior. Sasuke utilizou uma das técnicas de controle da Kyuubi para desestabilizar Naruto, liberando toda sua energia e fúria. O garoto avançou sobre Sasuke numa velocidade impressionante e o levou para o alto. Todos viram apenas um clarão sem ruído. Os dois nunca mais foram vistos...
Após isso, com a Akatsuki ocupada, a vida iria seguir na normalidade, correto? Não! Konoha nem pôde terminar de enterrar seus mortos quando recebeu uma notícia de ameaça vindo do Raikage. Motivos estranhos, sendo que até então estes eram aliados. E para piorar, houve uma tentativa de assassinato contra Danzou, que obrigou Tsunade a assumir o cargo (já havia conseguido se recuperar). Agora, todos viviam em um momento de tensão, uma pré-guerra...
Passaram-se 50 anos. Konoha já estava totalmente reconstruída,está guerra nunca aconteceu, porem ambas as vilas se fortaleceram durante a ameaça, novos sannins surgiram e ambos os kages entraram em um acordo de paz.Porem durante esse tempo uma nova akatsuki surgiu, agora com o objetivo maior ainda, alem dos bijus agora queriam aprisionar os maiores guerreiros de cada clã e obter todos os kenkkei gekkai, o motivo para tais vontades era desconhecido, e tal coisa era o único motivo para que a trégua entre as vilas se mantive-se intacta.
O Kage da folha, Konohamaru Sarutobi é um grande lutador porem sendo mais conhecido como sábio,ele tem o conhecimento de onde estão 3 bijuus, porem os outros a localização é desconhecida. Atualmente os 3 sannins lendariso da nova geração estão juntamente com konohamaru na empreitada para parar as ações da Akatsuki, tais informações somente o jounins tem conhecimento, porem todos os outros ninjas sabem que algo está acontecendo, devido ao numero de missões que surgiu nos últimos tempos. Todos os clãs tem um tipo de sede em konoha e a tensão pelas vontades da akatsuki só aumenta.
- A localização dos clãs de Konoha é dispersa, muitas das sedes dos clãs se localizam em meio a áreas fora de Konohagakure, assim também é com os clãs que tem relações agregadas a outras vilas.
- Todos os clãs e vilas permanecem em situação neutra sendo considerada uma relação de "paz" entre todos, já a algum tempo os conflitos entre vilas e entre a Akatsuki não acontece, porém todas as vilas encontram-se em estado de alerta e tomam medidas drasticas, porém discretas de proteção contra a invasão intrusa em seus territórios. Nenhuma vila possui maiores relações umas com as outras, sendo que cada vilarejo oculto permanece isolado, sem nenhuma relação com quais quer vilas vizinhas.
- A Akatsuki continua em estado neutro por algum tempo, sem praticar ações predatórias em relação aos já conhecidos Jinchuurikkis e os portadores dos mais poderosos Kekkei Genkai. A organização, funciona em sua totalidade, tendo seus dez membros a serviço de seus ideais. Sendo a Akatsuki uma organização que não tem sede fixada em um local permanente, tem seus membros espalhados pelo mundo Shinobi, porém todos escondidos individualmente, ja que a maioria das importantes personalidades ninja ja sabem de sua existência.